Pemerintah bersama DPR RI dan lembaga penyelenggara pemilu telah menyepakati jadwal pelantikan kepala daerah yang terpilih dalam Pilkada Serentak 2024. Pelantikan akan dilakukan secara bertahap mulai 6 Februari 2025, dimulai dengan 296 kepala daerah yang akan dilantik oleh Presiden Prabowo Subianto. Pelantikan dilakukan berdasarkan proses gelombang, dimulai dari kepala daerah yang tidak menghadapi gugatan ke Mahkamah Konstitusi (MK). Kemudian dilanjutkan dengan gelombang kedua bagi kepala daerah yang gugatannya ditolak oleh MK, dan terakhir untuk kepala daerah yang gugatannya diputuskan oleh MK.
Meskipun kesepakatan ini mendapat dukungan mayoritas fraksi di DPR, langkah ini sebenarnya melanggar putusan MK Nomor 27/PUU-XXII/2024 yang membatasi masa jabatan kepala daerah hasil Pilkada 2020 hingga pelantikan Pilkada 2024 dengan maksimal lima tahun. Pelantikan kepala daerah secara tidak serentak juga dinilai sebagai tindakan yang mengingkari putusan MK oleh Direktur DEEP Indonesia, Neni Nur Hayati. Hal ini bisa memicu gugatan dari kepala daerah yang saat ini menjabat.
Selain itu, analis politik Bakir Ihsan juga menyatakan bahwa penetapan pelantikan secara bertahap telah melanggar semangat pilkada serentak. Menunggu penyelesaian semua perselisihan di MK sebelum melantik seluruh kepala daerah terpilih dianggap sebagai solusi yang lebih tepat. Kekecewaan juga telah disampaikan oleh sejumlah kepala daerah, seperti Bupati Indramayu, Nina Agustina, yang menyatakan bahwa pelantikan bertahap tidak hanya melanggar putusan MK, tetapi juga peraturan Mendagri Nomor 131.32-266 Tahun 2021 terkait masa jabatan bupati. Hal ini bisa berpotensi memicu gugatan dari kepala daerah hasil Pilkada 2020.